Анархист Зимин, студент РГГУ, находится под стражей с 8 июня 2012 года. Он обвиняется по части 2 статьи 212 (массовые беспорядки) и части 1 статьи 318 УК (применение насилия в отношении представителя власти). 28 декабря СКР назвал Зимина в числе 12 "болотных узников", следствие в отношении которых завершено.
Активист Российского социалистического движения Филипп Гальцов, находившийся на Болотной площади вместе с Зиминым, вызвался быть по его делу свидетелем защиты. В октябре дома у Гальцова прошел обыск, после чего его увезли на допрос в СКР, по дороге угрожая "вывезти в лес и разобраться". В СКР от него требовали показаний по делу "Анатомии протеста — 2"; при этом следователь Тимофей Грачев избивал активиста и угрожал ему фабрикацией уголовного дела о массовых беспорядках. Тем не менее Гальцов отказался что-либо сообщать, сославшись на 51-ю статью Конституции.
На сегодня в "Болотном деле" 20 фигурантов. Последнего из них, Илью Гущина, задержали в среду, а в четверг арестовали на два месяца. В отдельное производство были выделены дела Максима Лузянина, который полностью признал свою вину и в начале ноября был приговорен к 4,5 годам лишения свободы, и Михаила Косенко, которому грозит принудительное лечение в психиатрической больнице.
10 января СКР объединил "Болотное дело" в одно производство с делом "Анатомии протеста — 2". По этому делу проходят руководители Левого фронта Сергей Удальцов, Константин Лебедев и Леонид Развозжаев; им вменяются часть 1 статьи 30 и часть 1 статьи 212 УК (приготовление к организации массовых беспорядков). По версии следствия, оппозиция готовила силовой захват власти на деньги из-за рубежа.
В середине января 2013 года "РосУзник" призвал участников Марша миллионов выступить на суде по "Болотному делу" свидетелями защиты. Как рассказал координатор проекта Сергей Власов, к началу процесса организация предполагает найти около 500 свидетелей. Общественное расследование событий на Болотной ведет также "Комитет 6 мая" совместно с партией РПР-ПАРНАС.